教育、科技、文化、卫生领域是“文化大革命”的重灾区，广大知识分子，包括教师、科技人员、文艺工作者和医生等，都不同程度地受到“文革”的冲击，特别是许多高级知识分子，被打成“反动学术权威”，无辜地遭受各种残酷的迫害。周恩来对此十分关注和忧虑。
“文革”初始，在制定《十六条》时，周恩来同陶铸同志商量，应增写保护科技人员等知识分子的内容。随着“文革”狂飙的肆虐，周恩来目睹一些知名人士惨遭迫害，十分痛心，殚精竭虑地采取了一系列措施，保护各界知识分子。
这样的事例很多，仅列举数例如下，就可见一斑。为保护好钱学森等国防科技人员，提出必要时“可以用武力保护”。
为了保护钱学森等国防尖端科学家和工程科技人员，并让他们在“文革”期间放手工作，突破国防尖端科技工程的技术难关，1969年8月9日，周恩来主持召开国防工办、国防科委和二机部负责人参加的会议，批准几百人应保护的名单，并提出必要时“可以用武力保护”。他在会上宣布：“部里由钱学森同志挂帅，杨国宇同志为政委(当时住七机部分管军工科研生产的军代表负责人。――引者注)。你们两个负责。你(指杨国宇。――引者注)是政治保证，他(指钱学森。――引者注)和其他专家要是被人抓走了，不能正常工作，我拿你是问！”随后，周恩来让军管会拟定一份应受保护的科技人员名单。他们开列了一份需要有卫兵重点保卫的工程技术人员名单，开始只有几十人，后来增加到几百人，其中有些人并不是参加某项国防尖端工程的。他们把名单报送周恩来，但又担心不能批准。周恩来看了名单后，不仅表示同意，而且表扬了他们的做法。周恩来对杨国宇说：“这些同志都是搞国防科研的尖子。即使不是直接参加某工程的，也要保护。当然不一定都要专门派卫兵，主要是从政治上保护他们，不许侵犯他们、抓走他们。如果有人要武斗、抓人，可以用武力保护。总之，你的任务就是要想尽一切办法，使他们不受干扰，不被冲击。”
在周恩来的关怀和保护下，在当时“文革”冲击的险恶情势下，钱学森率领广大国防科研专家和科技人员，全力以赴攻关，仍然取得“两弹一星”研制的丰硕成果。
后来，钱学森在《周总理让我搞导弹》的回忆文章中写道：“‘文革’中我们都是受保护的，没有周总理的保护，恐怕我这个人早就不在人世了。那时候，我们都是军管的。军管会每星期都要向总理汇报一次。总理下了一个命令，要搞一个科学家的名单。名单送上去后，总理说：‘名单中的每个人，你们要保证，出了问题，我找你们！’杨国宇知道这件事，他是军管会的副主任，主管科技的，和我们接触很多，他说起这些事来，生动极了。”
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