朱棣在起兵打入南京故宫时，“清宫三日”也没能找到建文帝，“国不可一日无君”，或许朱棣为了登基的合理性，才钦定说建文帝是“阖宫自焚”了。
《明太宗实录》中记载了建文帝的自焚细节：“上(指朱棣)望见宫中烟起，急遣中使往救，至，已不及，中使出其尸于火中，还白上”。意思是朱棣看到宫中起火了，就派下人去救火，可是到的时候已经来不及了，下人们在火中救出来一具尸体，便回去告诉了朱棣。文中的“其”指谁?没有说明白，这就是说连朱棣自己都搞不清楚那具尸体到底是不是建文帝。
但朱棣既然对外宣称建文帝已经烧死，那他就必须面对一个棘手的问题，建文帝的后事该以什么标准办呢?
作为叔叔，无论从血缘亲情关系还是帝国皇家礼仪的哪一个角度都要慎重对待“自焚”而去的侄儿，于是，“帝(朱棣)问葬建文帝礼，(王)景顿首言：“宜用天子礼。”从之”。
上述正史明明白白地讲了，朱棣不知道如何下葬已经烧焦了的所谓建文帝尸体，而已经投降了朱棣的建文朝翰林侍讲王景明确地说要用下葬天子的礼仪，换一句话说，就是用下葬朱元璋一般的礼仪来下葬所谓的建文帝，朱棣也依了。《明实录》说朱棣“备礼葬建文君，遣官致祭，辍朝三日”。
但就此产生了一系列的大疑问：既然是朱棣用天子之礼厚葬了建文帝，这是非同寻常之礼和非常之规制，在中国这样有着几千年文明的礼仪之邦里，一般普通百姓尚且注意丧葬礼仪和坟茔建造，更何况现在要葬的是一个皇帝，由此可以说，建文帝的陵寝应该是很有规模的，那么这个很有规模的建文帝陵寝会在哪里呢?既然朱棣以天子礼仪下葬了侄儿，总该给侄儿立个像样的碑，如是，那御制碑又在何处呢?
对于这个问题，不仅仅现代人问，事实上300多年前明末历史学家谈迁就已经相当重视和留意了。他在经过仔细的调查与考察后，这样写道：“金陵故老，无能指建文帝葬处。非其迹易湮也，史牒禅代沿例久矣。孟氏所以不尽信书也”。换句话说，明末在南京的大明遗老遗少压根儿就不知道建文帝葬在何处!用孟子的话说，尽信书不如无书。
这怎么可能?堂堂一代天子，居然连死了以后的陵墓都没有，这太不吻合常理了。有人说，那时因为朱棣充满了对侄儿朱允炆的仇恨，故意不给他造陵墓。这种说法完全没道理，要知道，金川门之变后，朱棣作为篡位者在南京的处境并不好，他一进南京城就遭到了一次未遂的“行刺”，后来又在明皇宫里遭受了建文朝大臣景清的“行刺”，还有，95%的建文朝大臣不肯投降。所有这些表面，当时朱棣需要的不仅仅是军事上的征服，还要从心理上使那些不肯投降与观望的人们臣服，所以他也巴不得搞个“结果”来，向人们做个交代。对此，明清史专家孟森先生说：“必以置陵守冢为用天子礼，则未必然。但葬时稍用天子仪仗，以震都人耳目，为绝天下人望之计，与出其尸于火，意正一贯，不必甚以为难信也。”
依照孟森话的意思，朱棣尽管没有确认朱允炆已经死于大火，但他让人拣了一具死尸当做朱允炆的尸体，用下葬天子的礼仪将他给葬了，但不一定就建造很像样的陵墓。这样做就比较吻合了当时朱棣的真实心理：一来可以让建文朝的忠臣死心，你们的皇帝都已经是死了，还是“识大体顾大局”吧;二来建文帝到底是死是活，朱棣心里毕竟没底，所以对于陵寝的建造他就没必要“遵制”了，否则的话，万一今后发现了建文帝，又将如何处置呢?
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